臨床基因擴增檢驗PCR實驗室建設(shè)解決方案
點擊: 次 時間:2017-03-15 10:58
概述
臨床基因擴增檢驗技術(shù)指以臨床診斷治療為目的,以擴增檢測DNA或RNA為方法的檢測技術(shù),如聚合酶鏈反應(PCR)、連接酶鏈反應(LCR)、轉(zhuǎn)錄依賴的放大系統(tǒng)(TAS)自主序列復制系統(tǒng)(3SR)和鏈替代擴增(SDA)等。
臨床基因擴增檢驗實驗室設(shè)立在二級以上醫(yī)院,必須使用經(jīng)國家藥品監(jiān)督管理局批準的臨床檢驗試劑開展臨床基因擴增檢驗項目,衛(wèi)生部臨床檢驗中心(以下簡稱衛(wèi)生部臨檢中心)和省、自治區(qū)、直轄市臨床檢驗中心(以下簡稱省臨檢中心)負責對所轄行政區(qū)域內(nèi)臨床基因擴增檢驗實驗室的質(zhì)量監(jiān)督管理工作。
一、PCR實驗室項目建設(shè)辦理程序
擬設(shè)置臨床基因擴增檢驗實驗室的醫(yī)療機構(gòu)按照《臨床基因擴增檢驗實驗室基本設(shè)置標準》籌建實驗室;籌建完成后,由法定代表人向衛(wèi)生部臨檢中心提出技術(shù)驗收申請。申請時需提交以下材料:《醫(yī)療機構(gòu)執(zhí)業(yè)許可證》復印件、可行性研究報告等。
1、擬設(shè)臨床基因擴增檢驗實驗室機構(gòu)的所在地醫(yī)療衛(wèi)生資源狀況、本機構(gòu)的基本情況、對臨床基因擴增檢驗的需求以及臨床基因擴增實驗室運行的預測分析;
2、擬設(shè)臨床基因擴增檢驗實驗室的設(shè)置平面圖;
3、擬設(shè)臨床基因擴增檢驗實驗室將開展的檢驗項目、實驗設(shè)備條件和有關(guān)技術(shù)人員資料。
4、衛(wèi)生部臨檢中心和省臨檢中心共同組織相關(guān)專業(yè)的專家組(以下簡稱專家組),按照《臨床基因擴增檢驗實驗室基本設(shè)置標準》對提出申請的臨床基因擴增檢驗實驗室進行技術(shù)驗收。驗收完成后,在20日內(nèi)將驗收報告寄送至申請機構(gòu)。
5、經(jīng)專家組技術(shù)驗收合格的醫(yī)療機構(gòu)將本辦法第六條規(guī)定的材料及專家組驗收報告送至省級行政部備案。在將符合規(guī)定的全部材料送達省級衛(wèi)生行政部門后15日內(nèi)未收到省級衛(wèi)生行政部門不同意的意見,方可開展專家組技術(shù)驗收合格的臨床基因擴增檢驗項目。
6、未經(jīng)專家組驗收合格并報省級衛(wèi)生行政部門備案的醫(yī)療機構(gòu)不得擅自開展臨床基因擴增檢驗項目。
二、PCR實驗室區(qū)域設(shè)置原則
1、試劑儲存和準備區(qū)
2、標本制備區(qū)
3、擴增反應混合物配制和擴增區(qū)
4、擴增產(chǎn)物分析區(qū)
如使用全自動分析儀,區(qū)域可適當合并,但各工作區(qū)域必須有明確的標記,避免不同工作區(qū)域內(nèi)的設(shè)備、物品混用。進入各工作區(qū)域必須嚴格按照單一方向進行,即試劑儲存和準備區(qū)—>標本制備區(qū)—>擴增反應混合物配制和擴增區(qū)—>擴增產(chǎn)物分析區(qū)。不同的工作區(qū)域使用不同的工作服(例如不同的顏色)。工作人員離開各工作區(qū)域時,不得將工作服帶出。
三、工作區(qū)域儀器設(shè)備配置標準
試劑儲存和準備區(qū)
1、2-8C和-15C冰箱
2、混勻器
3、微量加樣器(覆蓋1-1000ul)
4、移動紫外燈(近工作臺面)
5、消耗品:一次性手套、一次性吸水紙、耐高壓處理的離心管和加樣器吸頭(帶濾心)
6、專用工作服和工作鞋
7、專用辦公用品
標本制備區(qū)
1、2-8C冰箱、-20C或-80C冰箱
2、高速臺式冷凍離心機
3、混勻器
4、水浴箱或加熱模塊
5、微量加樣器(覆蓋1-1000ul)
6、可移動紫外燈(近工作臺面)
7、超凈工作臺
8、消耗品:一次性手套、一次性吸水紙、耐高壓處理的離心管和加樣器吸頭(帶濾心)
9、專用工作服和工作鞋
10、專用辦公用品
如需處理大分子DNA,應具有超聲波水浴儀。
擴增反應混合物配制和擴增區(qū)
1、核酸擴增儀
2、微量加樣器(覆蓋1-1000ul)
3、可移動紫外燈(近工作臺面)
4、消耗品:一次性手套、一次性吸水紙、耐高壓處理的離心管和加樣器吸頭(帶濾心)
5、專用工作服和工作鞋
6、專用辦公用品
擴增產(chǎn)物分析區(qū)
視檢驗方法不同而定?;緝x器設(shè)備如下:
1、微量加樣器(覆蓋1-1000ul)
2、可移動紫外燈(近工作臺面)
3、消耗品:一次性手套、一次性吸水紙、加樣器吸頭(帶濾心)
4、專用工作服和工作鞋
5、專用辦公用品
為了對以個特定序列進行PCR做重復檢測,需要三個不同的區(qū)域,每一個區(qū)域的具體技術(shù)操作和試劑在下面詳細列出.
1、樣品準備區(qū)
這個區(qū)域?qū)iT用作樣品的準備,在制備和操作用于核酸提取的試劑時應該采
取預防措施:
1)PCR產(chǎn)物和帶有要擴增序列的DNA克隆不能在這個房間操作。
2)組織培養(yǎng)物、組織標本和血清樣品都帶進樣品準備間處理,以根據(jù)應用的需要提取DNA或RNA。
3)用于樣品處理的工具不能被用作普通分子克隆的工具,也不能用作操作靶序列。
4)DNA樣品應該用有專門的防護或正壓活塞式移液管操作,以防止在吸取樣品時有氣溶膠遺留。
5)大體積樣品應該用單獨包裝的無菌一次性移液管吸取。
6)管子打開前都要簡短離心以減少氣溶膠的產(chǎn)生,而且管子不能用力崩開,這樣會產(chǎn)生氣溶膠。
7)任何時候都應該穿實驗服和帶手套,手套要經(jīng)常更換,尤其在抽提過程中每一步之間都要更換。實驗服要專門用于樣品準備間,經(jīng)常清洗。
2、樣品準備和RNA-PCR
RNA-PCR的額外步驟需要額外的樣品操作,這樣增加了樣品之間污染的機會。為了避免這一問題,反轉(zhuǎn)錄一步可以在樣品準備區(qū)進行。在RNA-PCR中應用UNG以防止污染的方法也有報道。
3、前PCR區(qū)
必須有專門用于準備各種反應的區(qū)域,這個區(qū)域必須保持干凈,而且沒有來自克隆和樣品準備的污染。前PCR區(qū)必須要有試劑和準備,特別是專門用于前PCR區(qū)的正壓活塞式移液管。
4、PCR實驗室試劑的操作
1)所用的所有溶液都應該沒有核酸和(或)核酸酶(DNase和RNase)污染。
2)所有PCR試劑中使用的水都應該是高質(zhì)量的-新鮮蒸餾的去離子水,用0.22μm過濾的,并且是高壓滅菌。
3)在20℃到25℃貯存的試劑建議加點像疊氮鈉一類的抗微生物劑,在擴增試劑或樣品制備試劑中加入0.025%的疊氮鈉不抑制擴增反應。
4)所用試劑都應該以大體積配制,實驗一下看試劑是否滿意,然后分裝成僅夠一次使用的量進行貯存。
5)所有試劑和樣品準備過程中都要使用一次性滅菌的瓶子和管子。
6)新配制的試劑在用于準備新的標本之前應該加以檢驗。
7)樣品準備和前PCR區(qū)所使用的移液管在不使用時都應該小心保存。
5、在前PCR區(qū)建立PCR混合物
1)可以把即刻可用的“主混合物”溶液配好、分裝并保存在-20℃或4℃,在實驗室只涉及到擴增一種或少數(shù)幾種特異序列時這樣做很有用。
2)如果你的實驗室使用多套引物,以致于配制包括所有試劑的單一反應混合物不夠經(jīng)濟,可以考慮分裝保存夠一天的PCR成分。
3)作為一個規(guī)則,應該保存一套陰性、弱陽性和強陽性對照樣品來分析樣品配制和PCR前過程的效率和潔凈程度。而且,你也希望通過使用一個已知的弱陽性樣品來驗證你的樣品緩沖液以證明里面不含擴增抑制物。
4)陰性樣品要與每組樣品同時做,以分析是否存在樣品與樣品之間的污染以及是否存在PCR產(chǎn)物的污染,陰性對照應該包括核酸以外的所有試劑。
5)當做陽性對照時,有兩個理由決定了應該使用最少數(shù)量的核酸。
6)由于必須有對照反應,對照模板的特點應該予以考慮。
6、控制污染的方法
已設(shè)計出很有力的酶學方法用來消除一種形式的污染—使用UNG,這一技術(shù)能有效地消除由PCR產(chǎn)物引起的污染。另一種控制污染的方法是使用紫外線,這種方法不能完全消除污染問題,但可以將污染降低幾個數(shù)量級。
7、PCR儀的位置
8、后PCR區(qū)
PCR完成以后,需要分析樣品并解釋數(shù)據(jù),應該留出一個專門用于反應后處理樣品的地方。后PCR活動中使用的所用試劑、一次性耗材和儀器都必須是專門用于這一目的,決不能把實驗室這一區(qū)域的試劑或儀器用于任何前PCR活動。
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